Принцип и саучесници у атентату ухапшени су и представљени као националистичко тајно друштво, које је покренуло Јулску кризу, а која је допринијела избијању Првог свјетског рата.
На суђењу, Принцип је изјавио: „Ја сам југословенски националиста, тежим за уједињењем свих Југословена, под било каквим политичким обликом и за њиховим ослобођењем од Аустрије”.
Принцип је осуђен на дванаест година затвора, што је била максимална казна за његову старосну доб, а казну је служио у тврђави Терезин. Преминуо је 28. априла 1918. године од туберкулозе, узроковане лошим затворским условима који су му претходно проузроковали губитак десне руке.
***
Гаврило је био окован у самици у тврђави Терезин, гдје живио у тешким условима и боловао од туберкулозе. Болест му је толико оштетила кости да му се морала ампутирати десна рука. У јануару 1916. Принцип се безуспјешно покушао објесити пешкиром. Од фебруара до јуна 1916, Принцип се четири пута састао са Мартином Папенхајмом, аустроугарским војним психијатром. Папенхајм је написао да је Гаврило вјеровао да би се Свјетски рат десио, без његових поступака и да се „не осјећа одговорним за катастрофу”.
Капела видовданских хероја на гробљу Светих Архангела у Сарајеву
Гаврило Принцип је преминуо 28. априла 1918. године, три године и десет мјесеци након атентата. У вријеме његове смрти, ослабљен неухрањеношћу и болести, тежио је око 40 килограма. Остао је до последњег даха прибран, чврст, никад се није поколебао у идеју којом је био руковођен.
Страхујући да би његове кости могле постати реликвије за словенске националисте, затворски чувари тајно су Принципово тијело сахранили у неозначен гроб, али чешки војник који је учествовао у сахрани запатио је локацију и 1920. године Принцип и остали „Видовдански хероји” ексхумирани су и њихови посмртни остаци пребачени су у Сарајево, гдје су заједно сахрањени испод Капеле видовданских хероја на гробљу Светих Архангела, на којој се налази цитат владике Петра II Петровића Његоша: „Благо томе ко довијек живи имао се рашта и родити”
