У Скопљу је основао зоолошки врт у Енглеском стилу, на 120 хектара неплодне земље поред Вардара. У Македонију је први пут дошао 1922. године. Иако је боравак био кратак, др. Караман је ипак успео да прикупи и проучи довољно материјала за објављивање свог првог рада - „Допринос херпетофауни у Македонији“. 

Следећи, дужи боравак, догодио се следеће, 1923. године. На позив Одељења за хигијену тадашњег Министарства за јавно здравство, др. Караман проводи шест месеци у проучавању маларијских комараца у циљу искорјењивања маларије. Резултат његовог рада је рад „Анопхелес ин Мацедониа“, објављен исте године. Поред свог службеног рада, млади Караман са великим ентузијазмом сакупља и обрађује разне фаунистичке материјале, обраћајући посебну пажњу на ихтиофауну у Македонији. Резултат његовог рада и залагања је још једно капитално дело македонске фауне „Риба у Македонији“, објављено у Сплиту 1924. године.

Ова два боравка кључна су за његову коначну одлуку да напусти посао на Свеучилишту у Загребу и пређе на стално запослење у Македонији. У новооснованом Институту за тропске болести постављен је паразитолог са задатком да се бори против преношења маларије и цревних болести (хелминитиса) у Македонији.

Путујући кроз Македонију, др. Караман наставља своју активност прикупљања и проучавања различитих фауналних материјала, али већ са идејом да његов рад треба попримити институционални облик. Његова идеја коначно се остварила на јесен 1926. године, доношењем Закона о оснивању Зоолошког музеја у Скопљу, као дела тадашњег Музеја јужне Србије. Период од успостављања музеја до почетка Другог светског рата карактерише снажан успон на више начина. Иако је др. Караман једини стручњак, у чему му помажу један приправник и један техничар, он успева да обогати музејску збирку, организује прве изложбе и развија издавачки посао. Већина његових радова објављена је у "Часопису Скопског научног друштва", чији је уредник био од 1937. до 1941. године. Идеја да Музеј мора имати своју публикацију остварила се 1939. године покретањем научног часописа Анналес који је издао седам бројева, али догађаји током Другог светског рата зауставили су његово даље објављивање.

Интензивни развој музеја захтевао је више простора и боље услове рада. У том циљу, Музеј је у више наврата мењао своју локацију. Из просторија тадашње музичке школе, у којој је започео своје дело, Музеј се преселио у зграду у Дебар Маалу, где је остао до 1934. године. Од 1934. до 1938. године музеј је смештен у просторијама градске кафе Кермес у градском парку, а потом је пресељен из зграде др Рубена у Стр. "Илинденска" где остаје до 1941. године.

Током окупације, др Станко Караман напустио је музеј и преселио се у Србију, а музеј је постао део Царског природног научног музеја у Софији.